Pemain sayap Chelsea, Jamie Gittens, membuka skor dengan menusuk dari sisi kiri dan menaklukkan kiper Moldova, Victor Dodon, di tiang dekat dengan tembakan kerasnya.
Mubama, yang dipinjamkan ke Stoke City, menggandakan keunggulan Three Lions ketika ia memanfaatkan umpan terobosan Ethan Nwaneri dan melepaskan tembakan yang melewati Dodon.
Pemain berusia 20 tahun itu mencetak gol keduanya empat menit kemudian, dengan mengeksekusi penalti ke pojok kiri bawah gawang setelah gelandang Fulham, Josh King, dijatuhkan di kotak penalti.
Bek sayap Manchester City, Rico Lewis, yang telah lima kali memperkuat tim senior, mencetak gol pertamanya untuk tim muda Inggris ketika ia melepaskan tembakan keras di menit-menit akhir.
Tim asuhan Lee Carsley melanjutkan perjalanan kualifikasi mereka melawan Andorra di Derby pada 13 Oktober (19:45 BST), dengan Inggris berada di puncak grup berkat selisih gol.